Наиболее полный исторический обзор изучения валдайской флоры изложен в статье Л. И. Крупкиной (2010) в сборнике «Труды национального парка «Валдайский».
История исследования флоры освещена и во введении к сводке «Сосудистые растения национального парка «Валдайский» (Морозова и др., 2010).
Первый список видов сосудистых растений парка в 2000 году составила М. В. Андреева, студентка Новгородского государственного университета, в рамках дипломной работы под руководством Э. А. Юровой, доцента НовГУ. Список включал 693 вида дикорастущих растений. Среди них 31 вид споровых, 4 — голосеменных и 655 — цветковых.
Последняя на сегодня обобщающая сводка по флоре сосудистых растений национального парка «Валдайский» — аннотированный список, вышедший в серии «Флора и фауна национальных парков» (выпуск 7). Его составили специалисты Института географии в Москве О. В. Морозова, Н. Г. Царевская и Е. А. Белоновская. В этом списке сведены как старые гербарные и различные литературные данные, так и итоги многолетних флористических исследований, которые авторы проводили на территории с 80-х годов. В списке — 746 видов (в том числе гибридогенных) сосудистых растений из 393 родов и 108 семейств, из них более 130 видов — адвентивные.
Изучение лихенофлоры национального парка «Валдайский» начала О. А. Катаева в 1995 году. Исследования проводились с перерывами. В 2013 году появился список лихенофлоры, в который входило 212 видов. В 2021 году доктор биологических наук Пчелкин А. В. снова проводил обследование видового состава лихенобиоты национального парка, охватив эпифитную, эпиксильную, эпигейную, эпилитную и другие экологические группы.
Сборы материалов провели в окрестностях Валдая, включая территорию города, деревень Короцко, Ивантеево, Велье, Перестово, Загорье, Ерёмина гора, Миронеги, Перевоз, Горнешно, Сковородка, Боровно, Загубье, Мельницы, Авдеево, Почеп, Горушки, Большой Валдайской тропы, каньона, горы Рыжохи. Общая протяжённость автомобильных маршрутов составила 700 км, пеших — 30 км. Собрано около 350 образцов лишайников указанных выше экологических групп. За исключением части эпилитных видов, которые нельзя было собрать без повреждения субстрата (часть видов на камне Миколухо-Маклая, на камнях у начала тропы на гору «Рыжоха»).
Масштабных исследований грибов на территории национального парка «Валдайский» не проводилось. Направление открыто и актуально.
Свою работу по изучению флоры продолжают научные сотрудники национального парка и сторонние специалисты. В ходе ежегодных полевых работ проводятся геоботанические исследования, посвящённые динамике лесов, лугов и водно-околоводной растительности под влиянием антропогенных факторов. Сведения о флоре постоянно пополняются. Специалисты также ведут работы по влиянию рекреации на почвенно-растительный покров мест отдыха на территории парка.