Ближе к городам и деревням преобладают домовая мышь и серая крыса, часто заходят лесной хорь, горностай, рыжие полёвки и обыкновенные бурозубки, иногда — обыкновенная полёвка и полевая мышь.
Численность млекопитающих меняется из года в год, но незначительно.
9 видов млекопитающих, обитающих на территории национального парка, включены в Красную книгу Новгородской области: бурозубка равнозубая, бурозубка крошечная, ночница усатая, ночница водяная, летяга, лесной лемминг, европейская норка, косуля европейская.