Территориальные подразделения

На территории национального парка устанавливается дифференцированный режим особой охраны с учетом его природных, историко-культурных и иных особенностей. В соответствии с этим на территории национального парка выделены функциональные зоны.
Заповедная зона. Определяющая функция этой зоны - сохранение наиболее ценных экосистем, включая популяции фоновых и редких видов растений и животных.
На территории заповедной зоны расположены наиболее ценные экосистемы - лесные массивы (памятники природы): Байневский (Валдайский), Вельевской и Селигерский, не затронутые хозяйственной деятельностью, где биогеоценотические связи не нарушены или нарушены незначительно.
Хозяйственная и рекреационная деятельность в зоне заповедного режима запрещены. В заповедной зоне разрешается проведение мероприятий, связанных с охраной территории от пожаров и защитой насаждений от вредителей и болезней. Пребывание на территории зоны заповедного режима лиц, не являющихся сотрудниками национального парка, а также  Минприроды России   и его территориальных органов, допускается только при наличии специального разрешения администрации парка.
Особо охраняемая зона. Основная функция этой зоны - сохранение в режиме, близком к заповедному, уникальной водосборной территории верховьев реки Полометь, сохранение целостности системы, являющейся гидрологическим эталоном малых рек. Особо охраняемая зона имеет режим гидрологического заказника.
Туризм и рекреационная деятельность в зоне гидрологического заказника запрещены. Исключение составляет лишь один маршрут: Валдай – Моисеевичи –Дворец – Яжелбицы - Валдай, осуществляемый работниками парка или  другими лицами по согласованию с администрацией  парка.
На территории особо охраняемой зоны местному населению разрешается сбор ягод, грибов, орехов, любительский лов рыбы, пользование водоемами и лесами в целях отдыха, сенокошение, пастьба скота (по лесным билетам), заготовка дров для собственных нужд.
Рекреационная зона. Основная функция зоны - сохранение целостности, полноводности, чистоты водоемов  на территории парка и обеспечение оптимальных условий для организации туристского водного отдыха.
Не менее важная функция зоны - обеспечение условий для экономического регулирования в озерах биомассы рыб, ежегодно осуществляемого национальным парком.
Запрещается промысловый лов рыбы, за исключением рыбоводно-мелиоративных мероприятий, проводимых на основании научных рекомендаций. Местному населению разрешается любительский лов рыбы.
Спортивное и любительское рыболовство туристам разрешается в специальных зонах. Разрешается спортивная и любительская охота, проводимая за плату в специально определенных местах.
Кроме контролирующих функций  национальный парк осуществляет мероприятия по воспроизводству ценных и других видов рыб.
Зона регулируемого использования вокруг озер и рек. Основная функция зоны - сохранение целостности естественных природных ландшафтов и обеспечение условий для   организации   полноценного   туристического   отдыха.   Это   достигается благоустройством туристических маршрутов и демонстрацией туристам на маршрутах исключительно живописных ландшафтов, эстетически интересного многообразия природных комплексов, типичных и уникальных сообществ, памятников природы, истории и культуры, с целью экологического просвещения посетителей парка и пропаганды идей охраны природы, природного и культурного наследия.
На территории зоны местному населению разрешается бесплатный сбор грибов, ягод, орехов, любительский лов рыбы, бесплатное пользование пляжами, водоемами и лесами в целях отдыха (без каких-либо построек), сенокошение, пастьба скота, заготовка дров (по лесорубочным билетам и ордерам) для собственных нужд, любительская и спортивная охота. На территории зоны регулируемого использования вокруг рек и озер допускается проведение регуляционных мероприятий, а также мероприятий по охране территории от пожаров, по защите леса от вредителей и болезней, проводятся рубки ухода за лесом и санитарные рубки.
Зона обслуживания посетителей. Основная функция зоны - обеспечение активного, интересного отдыха туристов на туристических маршрутах, в местах отдыха, в туристических и рыбацких приютах, а также обеспечение здорового массового кратковременного отдыха посетителей парка.  
Рекреационная и хозяйственная деятельность ориентирована на максимальное удовлетворение потребностей посетителей национального парка в благоустроенном кратковременном и длительном отдыхе.
В этой зоне осуществляются мероприятия по охране территории от пожаров, по защите лесов от вредителей и болезней, по регулированию, сохранению и воспроизводству фауны, по охране памятников природы, истории и культуры; разрешенные на территории национального парка рубки.